Oprócz transportu kolejowego i drogowego istnieje transport wodny, reprezentowany jest przez statki żeglugi śródlądowej (Szwajcaria nie posiada dostępu do morza, choć posiada własne statki morskie w ilości 24 sztuk i tonażu łącznym 780 458 DWT) i barki rzeczne na Renie między Bazyleą a Rheinfelden, oraz między Szafuzą i Jeziorem Bodeńskim.
Oczywiście po szwajcarskich jeziorach także pływają statki turystyczne. 12 jezior posiada stałą bądź sezonową żeglugę śródlądową. Są również promy samochodowe pływające na 3 stałych liniach.
Liczba koncesjonowanych statków pływających po jeziorach i rzekach wynosi 155 jednostek, z czego 13 to zabytkowe statki parowe. Wszystkie statki dysponują łączna liczbą 65.273 miejsc i przewożą rocznie ponad 10 milionów pasażerów.